Le coût de la reconstruction sera réparti entre cinq milliards de dollars d'aide fédérale et sept milliards versés par les compagnies d'assurances. Le détenteur du bail est en pleine bataille judiciaire avec les assureurs. Il avance que le site a été victime de deux attaques - ce qui signifie toucher deux fois la prime d'assurance, soit deux fois 3,5 milliards - alors que les assureurs jugent qu'il s'agit d'un seul et même attentat.
Conformément aux souhaits des familles des victimes, l'emplacement exact des tours jumelles sera laissé libre de toute construction : deux grands espaces publics y seront aménagés, de façon à ce qu'aucune ombre ne s'y projette les matins du 11 septembre, entre 8h56, heure où le premier avion a percuté la première tour, et 10h28, heure à laquelle s'est effondrée la deuxième. Une partie de la fosse que constitue aujourd'hui Ground Zero sera également préservée, et notamment le mur de soutènement (baptisé "la baignoire") qui l'isole du lit du fleuve Hudson tout proche. Elle abritera un musée-mémorial, monument qui a fait l'objet d'un concours d'architecture distinct. Le projet prévoit également, en sous-sol, la création d'un important noeud de transports en commun, qui permettra de connecter trains de banlieue, métro, ferrys et une desserte spéciale des aéroports, ainsi qu'un hôtel de luxe, un centre de congrès et un auditorium de 2.200 places.